Des fouilles archéologiques sur le Hagschutz ont permis de découvrir,
que sur le versant sud de cette montagne conique existaient déjà, à l'âge de pierre récent, deux villages en terrasse. On y a trouvé des tessons de poterie, des meules, des pointes de flèches et plusieurs haches en pierre. A l'âge du bronze, les Celtes ont fortifié le Hagschutz avec un mur d'enceinte. C'est également à cette époque qu'une tombe a été découverte à la Sonnhohle, de l'autre côté de la vallée. Niedereggenen entre dans la lumière de l'histoire lorsqu'il est mentionné pour la première fois dans un codex du monastère impérial carolingien de Lorsch près de Worms. Il y est écrit que le 12 juin 773, un certain Rupert et ses fils Hartold et Reginhard à Britzingen et "Eckenheim" ont légué au monastère des terrains, des bâtiments, des prés et des vignes. La deuxième mention se trouve dans le livre des actes du monastère de Saint-Gall. Le 27 juin 820, il y est mentionné qu'une Hildiburg, pour sauver son âme, cède au monastère ses biens à Buggingen, Laufen et "Eichinaim". Le nom de la localité doit être interprété comme "Heim des Ekko" (foyer d'Ekko) et fait référence à un ancien du clan ou à un seigneur foncier qui s'est installé ici à l'époque des grandes migrations. Alors que les documents les plus anciens parlent de "Eckheim, Eggenhain, Eginheim, Echinaim" sous différentes formes, il est prouvé que depuis 1166, on distingue Obereggenen et Niedereggenen. Au Moyen-Âge, les seigneurs locaux étaient les von Krenkingen - d'où l'aile dans les armoiries du village - avant que les margraves de Hachberg-Sausenberg ne deviennent propriétaires fonciers en 1470 et que Niedereggenen ne fasse partie du margraviat, qui deviendra plus tard le pays de Bade. Niedereggenen, au pied du Blauen, s'est fait un nom grâce à la culture de vins de qualité et d'excellentes variétés de cerises. Le visiteur intéressé par l'histoire culturelle trouvera dans l'église, construite au 11ème ou 15ème siècle, des fresques remarquables de style gothique tardif.