Wittnau se situe à environ 7 km au sud de Fribourg-en-Brisgau. Avec son territoire de 504 ha, la commune fait partie d'un paysage remarquable. Son noyau est la vallée de l'Hexen qui s'ouvre au sud de Fribourg et qui s'élève d'une altitude de 259 m à plus de 400 m à Wittnau et Biezighofen, tout en s'élargissant pour former une "vaste plaine alluviale". Sur son versant ouest, il est flanqué du motif caractéristique du Schönberg, tandis qu'à l'est, la lisière de la Forêt-Noire tombe à pic. L'image de l'agglomération est marquée par trois collines remarquables : Hasenbuck, Großer Buck et Kapuzinerbuck. Elles sont encore utilisées aujourd'hui pour la viticulture. La partie orientale du territoire communal fait partie de la Forêt-Noire de base et s'étend jusqu'au flanc ouest du Schauinsland (1284 m), la "montagne locale" de Fribourg.
